A Casa da Quinta da Comenda, era a Casa-Mãe da Comenda de Ansemil, que possuía vários Coutos, espalhados pelas Beiras, nomeadamente em Tarouca, Figueira da Foz, Coimbra, Águeda etc... e em S. Pedro do Sul, o Couto da Coja, incluía o que hoje constitui as povoações de Outeiro da Comenda, Lourosa da Comenda, Bodiosa, Mães e Vila Maior, onde, nesta última, se situava a tulha da Comenda que recebia os tributos de todos aqueles Coutos.

Antes da fundação da nossa nacionalidade (1143), D. Teresa, mãe do 1º Rei de Portugal, D. Afonso Henriques, doou a Comenda a seu irmão D. Raimundo que por sua vez, a doou à Ordem Religiosa de Cavalaria D. João de Jerusalém, mais tarde conhecida como Ordem de Malta. Os cavaleiros desta Ordem muito ajudaram D. Afonso Henriques na reconquista de Portugal contra os mouros, tendo o seu filho, D. Fernando Afonso, sido um dos seus Grão-Mestres.

O primeiro Rei de Portugal teria permanecido na Casa da Quinta Comenda quando teve de tratar a fractura da perna que sofrera no cerco/batalha de Badajoz, nas Caldas Romanas de Alafões (Lafões, Termas de S. Pedro do Sul), onde ainda hoje se encontra a sua banheira granítica.

A Ordem de Malta, guerreira e hospitalária, situada na Quinta da Comenda, tratava e albergava cavaleiros que se deslocavam a caminho de Jerusalém, pela estrada romana que passava pela Quinta da Comenda, atravessando o rio Troço pela ponte romana aqui existente, em direcção a Lérida.

Desde estas remotas datas até 1834 a Quinta da Comenda pertenceu sempre à Ordem de Malta, até que por decreto de expulsão das ordens religiosas, foi oferecida ao Porteiro-Mor do reino e passou a pertencer a descendentes da coroa até à implantação da república.

Depois da extinção das ordens religiosas em 1834 e com a república, acentuaram-se as dificuldades para uma exploração adequada das terras, o que deu origem a uma progressiva degradação do património construído. Este ciclo só terminou com a compra da quinta em 1984 pela família de José e Laura Cardoso da Rocha, que encontraram a Quinta da Comenda num estado de degradação quase completo. Foi preciso restaurar a parte arquitectónica da casa mantendo a traça original e primitiva e, recorrendo a livros antigos e às informações das pessoas da região, chegaram ambos à conclusão que desde sempre se tinha cultivado ali um vinho extraordinário, o vinho de Lafões. Procuraram então reconverter a parte agrícola, utilizando um princípio mais moderno, e tomaram-se pioneiros na agricultura biológica, até ali desconhecida na região.